A Confraria é administrada por três órgãos independentes:

Capítulo

O Capítulo é uma Assembleia Geral na qual todos os Confrades Efetivos podem participar. É presidida pelo Corregedor, um Mestre com antiguidade eleito para assegurar o seu bom e harmonioso funcionamento.

Quando convocados pelo Corregedor, os Confrades Efetivos reúnem-se em Capítulo para eleger os oficiais da Confraria e tomar decisões relativas à Confraria, incluindo a aprovação de novos Confrades.

Chancelería

Os membros da Chancelaria, ou conselho diretivo, são eleitos para mandatos de três anos e contam com poderes para liderar, gerir e representar a Confraria do Vinho do Porto.

Composta por cinco Confrades e eleita pelo Capítulo, a Chancelaria é presidida pelo Chanceler , o mais alto representante da Confraria. As outras funções na Chancelaria são o Almoxarife, o Copeiro-Mor, o Almotacé, e o Fiel das Usanças. Composta por cinco Confrades e eleita pelo Capítulo, a Chancelaria é presidida pelo Chanceler , o mais alto representante da Confraria. As outras funções na Chancelaria são o Almoxarife, o Copeiro-Mor, o Almotacé, e o Fiel das Usanças.

Os membros da Chancelaria são identificados pela faixa de seda de cor creme à volta dos seus chapéus.

Mesa de Vedores

O conselho fiscal de três pessoas, eleito pelo Capítulo, fiscaliza as finanças e os orçamentos da organização, e revê as contas anuais.